Az egykori Árpád kori Szent Miklós apátság romjain a domonkos rendi szerzetesek építettek templomot, akik 1318-ban telepedtek le Felsővároson. Ez a templom azonban elpusztult, és helyén az 1739-ben ide települt ferencesek, a minoriták építették fel 1747-ben az új kolostort, majd 1754-től 1767-ig a templomot. Az új templomban ismét csak a Szent Miklós kultuszt akarták ápolni, így a védőszent ismét ő lett. Az építkezés körülményeiről keveset tudunk: a tervek Lechner Venceltől származnak, a kivitelezést Dobi János szegedi építőmester végezte. Az arányaihoz képest szinte gótikusán felnyúló templom már a későbarokk lehiggadt szerkezeti formáit, világosságát fejezi ki. A templom berendezési tárgyaiból legértékesebbek a kézi faragású műemlék padok, a sekrestye szekrény és a főkapu figurális domborművei, amelyek Szent Miklóst, Assisi Szent Ferencet, Szent Kiliánt és Szent Bonaventúrát ábrázolják. A főoltár 1806-ból való, klasszicista stílusú. A mellékoltárok közül a templommal egykorú az Assisi Szent Ferenc, a Páduai Szent Antal, a Szent Kereszt és a fájdalmas Szűz oltára. Az orgona 1928-ban készült el a pécsi Angster orgonagyárban. A templomot 1928-ban külsőleg felújították. Ekkor épült a főbejárat elé az oszlopos timpanonos előrész, amely jobban kiemeli a templom bejáratát és védi a művészi kivitelezésű főkaput. 1939-ben a minoriták letelepedésének 200 éves jubileuma alkalmából felújították a templomot, ezután 1967-ben a templom felszentelésének 200 éves évfordulójára újabb felújítás történt az OMF felügyeletével, Nemcsics Antal festőművész és Nagy István grafikus közreműködésével. A fotó a Múzeumok és Műemlékek Országos Központja által 1951-ben Szegedről készített városképi és műemléki vizsgálatának kéziratából származik.